Мускулатура облекает внутренний скелет, состоящий из черепа, позвоночника, грудного и брюшного поясов, основных частей скелета парных плавников, а также из плавниковых лучей и ребер. У малька рыб скелет хрящевой, и таким он остается у низших рыб, акулообразных. У прочих он при их росте заменяется костным. У высших рыб, называемых кости­стыми, окостенение внутреннего скелета достигает наибольшей степени. Развитию хрящевого скелета у всех рыб предшествует появление хорды — сплошной, как у миног. Перешнуровку хорды вызывают формирующиеся тела позвонков. Они огра­ничены передней и задней вогнутыми, воронковидными ямками, в которых остаются на всю жизнь участки хорды. Такие позвон­ки называются амфицельными. Тело позвонка снабжено верхней дугой, сквозь которую проходит спинной мозг. Нижнее дуги окружают кровеносные сосуды, тянущиеся под позвоночником. Форму хрящевого повторяет и костный позвонок. Ребра, охватывающие с боков брюшную полость, являют­ся нижними; у рыб с костным скелетом дополнительно к таким ребрам бывают еще верхние, лежащие в горизон­тальной перегородке, которая отделяет спинную мускулатуру от брюшной. Лучи непарных плавников опираются на особые хрящи или кости. Сами плавниковые лучи у костистых рыб бывают мягкими и членистыми или твердыми, нечленистыми, колю­чими. В плечевом поясе, кроме лопатки и ключицы, содержится еще несколько костей. У акулообразных же пояс состоит из одного хряща, в котором различают лопаточную и кора-коидную (воронью) части. В костном черепе рыб некоторые кости могут быть включены в кожу и заметны снаружи или же лежат непосред­ственно под кожей и обусловливают рельеф головы. К послед­ним относятся и легко узнаются под кожей верхнечелюстная, предчелюстная, зубная, суставная, лобная, теменная, предкрылка, крышка и другие кости жаберной покрышки. Сложная группа черепных костей, лежащая глубже, служит подвеском для нижней челюсти, присоединяя ее к черепной коробке, окружающей головной мозг. Сошник и небные кости верхней стенки ротовой полости узнаются но покрывающим их иногда зубам.